卡内基梅隆大学科研团队揭示:通过空间转录组学,我们得以重塑单细胞表达谱的时空画卷

2024-10-02 生活常识 关注公众号
卡内基梅隆大学科研团队揭示:通过空间转录组学,我们得以重塑单细胞表达谱的时空画卷
Joseph LugoMartinez团队在《Cell Reports Methods》上发表研究论文,"Recovering single-cell expression profiles from spatial transcriptomics with sc Resolve"。该研究使用空间转录组学技术,结合多细胞分辨率,从空间转录组学数据中恢复单个细胞在其位置的表达谱。结果表明,scResolve可用于准确恢复单个细胞在其位置的表达谱,并在不同的组织环境中成功恢复了不同细胞类型中单个细胞的表达谱,改善了以前的方法。同时,scResolve回收的细胞群在空间上被正确映射,能够识别稀有细胞群。
在《Cell Reports Methods》杂志上发表的研究论文:“Recovering single-cell expression profiles from spatial transcriptomics with sc Resolve”
引言:
随着对生命科学的理解不断深化,对细胞的深入理解变得越来越重要。空间转录组学是一种独特的分析方法,它结合多细胞分辨率和空间信息,为我们提供了一个独特的方式来获取关于细胞功能、结构和发育等复杂生物学问题的答案。
第一部分:我们的发现
我们在《Cell Reports Methods》杂志上发表了一篇关于如何利用sc Resolve方法从空间转录组学数据中恢复单个细胞在其位置的表达谱的文章。我们通过这种方法,不仅成功地恢复了不同细胞类型中的单个细胞的表达谱,而且也改善了以前的方法。
第二部分:我们的实验步骤
我们首先收集了多种不同类型的细胞样本,并使用sc Resolve方法进行了空间转录组学数据分析。然后,我们通过图像处理技术,将空间转录组学数据转化为二维平面图,以便于我们进行进一步的数据分析。
第三部分:结果和影响
结果显示,sc Resolve方法在准确恢复单个细胞在其位置的表达谱方面表现出了优秀的性能。此外,我们的研究还揭示了sc Resolve对于在不同组织环境下的成功率,并成功地识别了稀有细胞群。
第四部分:未来的研究方向
尽管我们的研究取得了一些重要的进展,但我们仍有很多可以改进的地方。例如,我们可以进一步探索sc Resolve如何处理更复杂的环境因素,并将其应用于更多的生物学问题。
总结:
总的来说,我们的研究表明,sc Resolve是一种非常有效的工具,可以帮助我们从空间转录组学数据中恢复单个细胞的位置表达谱。虽然还有很多工作需要做,但我们的研究已经为我们打开了新的研究领域,为未来的生物学研究提供了有价值的工具。

上一篇:要不是虞书欣的“装腔作势”,这期《中餐厅》怕是要被骂上热搜了
下一篇:2024,B端筛选有啥变化?
更多更酷的内容分享
猜你感兴趣
揭示肺腺癌起源,王凌华团队运用单细胞和空间转录组技术,找寻最早期的细胞起点。

揭示肺腺癌起源,王凌华团队运用单细胞和空间转录组技术,找寻最早期的细胞起点。

德克萨斯大学MD安德森癌症中心王凌华教授和Humam Kadara教授团队于2024年2月28日在Nature发表论文,通过系统性研究早期肺腺癌的细胞谱系状态和分子特征,揭示了肺腺癌发生的生物学机制,为发现新的治疗靶点和开发新型疗法提供了依据。

生活常识 03.01
南京大学陈迪俊团队开创肿瘤微环境空间域解析新路径:基于单细胞和空间转录组的研究成果

南京大学陈迪俊团队开创肿瘤微环境空间域解析新路径:基于单细胞和空间转录组的研究成果

角度看,现有的算法往往无法有效解决高维度数据的聚集问题。另一方面,空间转录组数据的复杂性使得其数据量庞大且难以处理。针对这些问题,一种名为SpaTopic的统计学习框架应运而生。 SpaTopic是一种用于识别肿瘤微环境中的空间域的框架,它结合了空间转录组数据的聚类和反卷积分析,能够准确地表征空间域中的细胞类型。通过分析原发性肝癌的空间转录组数据,SpaTopic成功地识别了与三级淋巴结构相关的空间域,并支持跨数据集的空间域定量比较和功能分析,为肿瘤微环境的功能解析提供强大的工具。 然而,值得注意的是,虽然SpaTopic具有很高的准确性,但在识别空间域的过程中也面临着一些挑战。因此,今后的研究应该更加注重探索如何优化SpaTopic算法,以提高其在实际应用中的效果。

生活常识 10.13
中国科学家发现全新小脑皮层单细胞空间转录图谱,揭示神经网络复杂性与高级功能的秘密

中国科学家发现全新小脑皮层单细胞空间转录图谱,揭示神经网络复杂性与高级功能的秘密

中国科学家研究构建时空单细胞图谱揭示灵长类特异性浦肯野神经元亚型及神经元空间模式,为探究小脑在神经系统中的作用以及相关疾病机制提供理论基础和实验依据。研究发现,少数小脑细胞类型难以富集,需采用单细胞空间转录组技术分析其空间基因表达谱。此外,通过对灵长类动物中的基因表达模式比较发现,多数细胞类型在物种间是保守的,不同细胞类型间的差异表达基因高度依赖于物种。研究表明,灵长类特异的浦肯野细胞亚型(grid2)存在明显差异,并揭示了GRID2在诱导LTD相关基因表达方面的显著差异。此研究成果在线发表于《科学》杂志。

生活常识 09.28
北京大学科研团队解析嗅觉受体如何在单细胞三维基因组和基因表达中表现动态过程

北京大学科研团队解析嗅觉受体如何在单细胞三维基因组和基因表达中表现动态过程

北京大学谢晓亮及斯坦福大学Longzhi Tan等人通过三维基因组和转录组的联合分析揭示了一个全新的嗅觉受体增强子模型,这扩大了已知嗅觉受体的范围,并发现了它们的动态空间关系,有助于我们更深入的理解嗅觉受体的选择过程。这项研究的成功表明,未来我们可以利用新的、更精确的技术来获取全基因组视图。

生活常识 04.17
卫生巾行业集体爆发:众口难调的私密问题让大众重新审视女性肌肤状况

卫生巾行业集体爆发:众口难调的私密问题让大众重新审视女性肌肤状况

最近,“卫生巾黑榜”事件引发了对卫生巾标准的关注,其中涉及到消费者对pH值需求的规定,以及与健康相关的疑虑。有些人选择购买械字号的医用卫生巾,注重其更高的卫生要求,但一些人则抱怨私处经常红肿长痘,被误认为是卫生习惯不良导致的。此外,还有一些疾病如毛囊炎也会发生在女性私处,月经期私处更容易感染,使用卫生巾可以有效降低这一风险。总的来说,了解卫生巾对私处的影响并选择合适的产品有助于保持个人卫生和健康。

生活常识 11.22
Master of Vision Science Returns Home to Assist Young视障 Children with English Learning

Master of Vision Science Returns Home to Assist Young视障 Children with English Learning

到清华大学念研究生时,英语突然成了他的短板。然而,他没有放弃,利用自己的毅力自学英语,并成功考取了英国埃塞克斯大学的硕士学位。 毕业后,郑建伟回到家乡,创立了自己的英语培训机构,专门教授视障儿童英语。他免费为视障儿童提供线上辅导服务,帮助他们打开英语和世界的大门。 自2021年起,郑建伟持续为视障儿童提供在线英语辅导服务,尽管这个过程充满了挑战,但看到这些孩子在英语学习中取得的进步,他感到无比的欣慰。 作为一名盲人英语教师,郑建伟用实际行动告诉我们:只要有决心和毅力,任何人都能实现自己的梦想。同时,他还用自己的经历激励更多的视障人士克服困难,追求自己的目标。

生活常识 11.22
美国外教在雄安:开启孩子的国际视野之路

美国外教在雄安:开启孩子的国际视野之路

要离异的消息时,我和杰森试图解决这个问题。我们在一家法国餐厅用餐,我选择了鱼配番茄酱。我对杰森说:“你要勇敢,因为你不是唯一一个有想法的人。”我问他:“你是怎么想到这个想法的?”他回答说:“我是在想你可能也会感兴趣。”虽然这句话是一句很诚实的话,但我却没想到它会在未来改变我的生活。这段对话开启了我们的新恋情,也让我开始学习如何更好地理解别人的想法。这段经历让我意识到,有时候,我们需要勇敢地说出我们认为重要的事情,这样我们才能得到真正的支持和爱。

生活常识 11.22
西安警方捣毁跨年积案,连续3年成功解救3名失踪儿童,孩子今已回家团圆

西安警方捣毁跨年积案,连续3年成功解救3名失踪儿童,孩子今已回家团圆

借口从家属身边拐走孩子。这三名被拐儿童在2007年分别于2月14日、5月27日和8月18日在西安市雁塔区甘家寨、莲湖区红庙坡综合缴费厅门口被拐走。犯罪嫌疑人张某一并承认其犯罪事实,并声称是通过关系找到这些孩子的。他们通过假装成熟人的方式把孩子骗走,然后在家中等待被发现。在案件侦破过程中,警方因为当时的科技条件限制,未能及时获得有价值的信息。直到今年9月份,警方使用"人像识别"技术,最终找到了犯罪嫌疑人。至此,三名被拐17年的儿童已经与家人团聚,嫌疑人已经被依法逮捕,案件仍在进一步的侦查中。

生活常识 11.22
41岁的蒋欣:我脾气暴不好惹,但我超会带娃

```

41岁的蒋欣:我脾气暴不好惹,但我超会带娃 ```

道歉,并要求其赔偿损失。这部电视剧讲述了41岁女演员蒋欣饰演的宋莹,在热播剧中与丈夫、孩子过上了温馨生活的故事。宋莹虽然泼辣,但她对儿子却非常关心和爱护。尽管在剧中她多次以泼辣形象出现,但她在观众心中的形象逐渐转变,成为了一个充满爱心和母性的人。这部剧让我们看到了一个普通女性的坚韧和智慧,也让我们看到了家庭的力量和温暖。总的来说,《小巷人家》是一部深入人心的家庭情感剧,让人感受到了生活的美好和亲情的力量。

生活常识 11.22
孩子连续高烧,心脏病的警告信号

孩子连续高烧,心脏病的警告信号

查:发热、出汗、手心热、皮疹、眼睑肿胀、胸痛、呼吸困难等。由于川崎病的症状容易与其他儿童常见病混淆,如感冒、流感、支气管炎等,家长要及时带孩子去医院就诊。如果孩子出现以上症状,特别是皮疹广泛分布、皮疹颜色鲜红、皮肤疹部位瘙痒疼痛、高热不退等症状,务必及时就医。

生活常识 11.22
健康的肝脏,远离‘饿’出来的脂肪肝

健康的肝脏,远离‘饿’出来的脂肪肝

脂药物,服用抗氧化剂,定期复查肝功能,必要时辅以手术治疗。 病因:营养不良性脂肪肝。 关注点:发病原因,如何预防,如何治疗。 注意事项:不要过分节食,要保持良好的生活习惯,定期复查。

生活常识 11.22
山姆出现严重健康问题,引发网络热议!猪梅花肉疑似因脂肪过高而长出白点?肥牛片真的要转型成为肥油片了吗?

山姆出现严重健康问题,引发网络热议!猪梅花肉疑似因脂肪过高而长出白点?肥牛片真的要转型成为肥油片了吗?

事件概述:博主在上海嘉定山姆会员超市购买了山姆猪梅花肉火锅片,却发现猪肉片上有白色疙瘩状物,怀疑可能是病毒性病变。随后,博主将此事告知山姆官方,并索赔两倍金额、下架、道歉及退款。经过调查,官方确认问题不在产品本身,而是山姆超市内部操作不当。该事件提醒消费者要提高食品安全意识,谨慎购买食品。

生活常识 11.22
饭后半小时警惕四个错误:不要喝水、勿看电视、勿思考、避免剧烈运动。一个正确动作:立即漱口和刷牙,保持健康远离疾病。

饭后半小时警惕四个错误:不要喝水、勿看电视、勿思考、避免剧烈运动。一个正确动作:立即漱口和刷牙,保持健康远离疾病。

饭后要做科学饮食、合理搭配,才能为健康加分。建议遵循半小时定理,饭后休息30分钟后再做,并避免吃饭后的抽烟、喝浓茶、开车等行为。

生活常识 11.22
警惕身体的4种常见疼痛,癌症可能就在其中!赶快自检吧

警惕身体的4种常见疼痛,癌症可能就在其中!赶快自检吧

慢性疼痛意味着持续三个月以上的不适感,是一种对人体健康状况的警告信号。它的出现往往伴随着其他的身体问题,如心脏病、糖尿病等。此外,长期疼痛还会影响个体的心理状态,导致睡眠质量下降、食欲不振甚至影响社交能力。当身体不同部位出现疼痛时,应立即寻求医疗帮助以排除潜在的健康风险。

生活常识 11.22