在筹备阶段，同治三年，曾国藩亲自入城巡查江南贡院，发现标志性建筑如至公堂、衡鉴堂、明远楼等尚存完好。他判断修复工程规模可控，在朝廷奏请下全力推进江南贡院的修缮工作，力争年内如期举行江南乡试。曾国藩派遣专员赴湖北、安徽等地采办木料，召集各类工匠，不仅修补了号舍中的缺失号板，还大规模整饬江南贡院及其附设建筑。至九月中旬，修缮工作接近尾声，考务设施已焕然一新，主考官及监试官员用房、誊录对读之所、弥封供给场地等均完成了近九成的新建与一成的修缮，共计一万六千余间号舍得以恢复使用。曾国藩对于考试细节更是严谨以待，预见应试人数可能增加，提前安排在贡院外扩增空地以备临时增建号舍；同时考虑到当地久未举办乡试，特意致函湖北布政使借调数名经验丰富的书办协助，又紧急命令江西布政使孙长绂赶制一万八千套朱墨卷，确保考务工作的万无一失。
当朝廷确认筹备工作完备后，任命太仆寺卿刘崐为主考官，翰林院编修平步青为副考官，南下主持同治甲子科江南乡试，并补行咸丰八年戊午正科的乡试，迅速传令两江上下各州县知晓此事。
此消息传出，流离在外的南京士人纷纷收拾行囊返乡应试，江苏其他地区以及安徽士子亦闻风而动，从上海等地纷至沓来，齐聚江宁参加这场久违的科举大典。
然而，由于战乱刚过，江宁百废待兴，江南乡试过程中遭遇了一系列意料之外的困难。考程安排混乱，不少士子因未能参与学政巡回资格筛选考试，需在乡试前加试录科，但直到录科前夕，考试日程仍模糊多变，甚至出现了多次补充录入的情况。此外，连绵阴雨雪天气也给考生带来了严峻考验，诸如吴江人柳兆薰在其日记中详尽记载了恶劣气候下的应试经历：阴雨连绵，冰雪交加，士子们蜷缩在狭小且通风的号舍内，忍受着寒冷彻骨的折磨。
尽管如此，士子们并未因此削减对科举功名的热情，他们忍耐严寒，坚持完成三场考试。其中，士子陈作霖更是在雪夜挑灯夜战，创作《十一月十二日贡院对雪》诗篇，生动描绘了考场内的坚韧不屈精神。
同治三年江南乡试最终吸引了超过1.3万名士人前来应试，共取中正榜273名、副榜48名，此次乡试结果受到朝廷、官员、士绅乃至普通百姓的一致赞誉。曾国藩多次感叹，本次乡试展现了士子们卓越的文章才华和高昂的士气，丝毫不见战乱后的衰颓之象。湖南名士何绍基对此高度评价，认为其激励作用可比肩曾国荃攻克天京，新科举人江璧与吴大澂的名字更被赋予“自此江南肃清、三吴澄清”的寓意，一时传为美谈。
综上所述，同治三年江南乡试是一次砥砺人心、重振文教的重要事件，它承载着恢复崇儒重道的文化秩序的深远意义。透过这些细致的记录，我们能够看到即使在19世纪60年代中期，历经西方思潮冲击和太平天国运动的影响，儒家思想在中国社会依然具有强大的影响力和深厚的根基。
